- 民國40年9月5日，五德國民學校於嵵裡里與井垵里之狹長陸連島地區設立分校，本校於焉開始。
- 民國45年8月升格獨立為嵵裡國民學校(校址位於種苗繁殖場)，學區包括嵵裡里及井垵里。
- 民國56年間，承蒙基督教會補助整建環境，興築護堤，改善學校環境。
- 民國57年8月改制，易名為嵵裡國民小學。
- 民國58年8月間，學校(現為種苗繁殖場)遭受美勞西颱風侵襲，損失慘重，學生安全飽受威脅，經過家長討論與政府評估，遂決議遷校至現址。
- 民國59年，陳連富校長於任內，經地方熱誠捐地、軍方全力協助，歷經3年後，在民國61年完成遷校至現址。
- 民國61年8月，井垵學區應家長要求及縣府同意，規劃入五德國小，本校由12班減為7班。
- 民國91年東側校舍落成啟用。
- 民國93年9月澎湖醫院內科鄭鴻藝主任捐贈本校10萬元，成立獎助學金至108年，鼓勵對外參加比賽學生及學業優異學生。
- 民國95年5月西側校舍落成啟用。
- 民國96年午餐廚房改建完工。
- 民國104年裝置太陽能發電板。
- 民國106年4月1日於王文瑞校長籌辦下，辦理60週年校慶。
- 民國108年11月9日聯合辦理第10屆澎南區聯合運動大會。
- 民國109年8月1日起經家長爭取與縣府同意，井垵學區劃為自由學區，可就讀本校。
